首都医科大学学报 ›› 2011, Vol. 32 ›› Issue (2): 249-253.
杨锦,邹斌斌,张玉祥*,王泽生*
YANG Jin, ZOU Bin-bin, ZHANG Yu-xiang*, WANG Ze-sheng*
摘要:
目的 以表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor,egfr)启动子片段为目标靶序列,用RNA捕获法在全基因组进行靶序列的富集,结合第二代测序技术,实现候选基因区段的深度测序。 方法 本研究以宫颈癌细胞系HeLa S3 egfr启动子为模型,提取基因组后用Mbo Ⅰ酶切,补平加PE接头,回收400 bp~1 000 bp 的DNA 片段作为模板,并用egfr启动子RNA与制备的基因组模板杂交将egfr启动子片段富集,富集的DNA片段PCR扩增15轮后用Solexa高通量测序。 结果 通过生物信息学技术分析,从实验组中随机取总条数为106 reads,比对到egfr启动子片段reads条数为1 889条,而比对到随机挑选的notch 1、pdgf-B、src基因reads条数分别为2、3、3条。从人类全基因组随机取总条数为106的等长reads作为对照组,比对到notch 1、pdgf-B、src、egfr基因reads条数分别为3,2,3,2条。在本实验中egfr启动子片段通过RNA捕获法被富集了630倍。 结论 用本研究建立的RNA捕获法进行基因组靶序列捕获、富集、测序文库建立的技术路线可行, 所建DNA文库可直接用于Solexa测序仪的测序。RNA捕获技术与第二代高通量测序技术结合能应用于靶区域的重测序,研究可变剪切、核小体分布,发现和分析新的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)位点,寻找许多复杂疾病相关基因及位点,针对性强,简便易行,节约成本。
中图分类号: