首都医科大学中西医结合学系于2007年成立,是北京市属院校中唯一的中西医结合学系。学系由17所医院及单位组成,分别为首都医科大学附属北京友谊医院、首都医科大学中医药学院、基础医学院;首都医科大学附属北京中医医院、北京天坛医院、复兴医院、北京同仁医院、北京安贞医院、北京儿童医院、北京妇产医院、北京佑安医院、宣武医院、北京朝阳医院和北京安定医院;中国中医科学院广安门医院、北京大学人民医院和北京地坛医院。中西医结合学系拥有国家中医药管理局2个重点学科,北京市中医药管理局5个重点学科。学系主任为首都医科大学附属北京友谊医院名誉院长王宝恩教授,副主任为中医科学院广安门医院院长兼党委书记王阶教授、首都医科大学附属北京友谊医院中医科李丽主任、首都医科大学基础医学院王学江副院长、首都医科大学附属北京中医医院消化科张声生主任及首都医科大学附属北京天坛医院中医科樊永平主任。