新型冠状病毒核酸PCR检测假阳性核酸污染类型的鉴别方法

doi:10.3969/j.issn.1006-7795.2022.03.016

首都医科大学学报 ›› 2022, Vol. 43 ›› Issue (3): 427-432.doi: 10.3969/j.issn.1006-7795.2022.03.016

• 新型冠状病毒肺炎:基础研究到临床诊治 • 上一篇下一篇

新型冠状病毒核酸PCR检测假阳性核酸污染类型的鉴别方法

王爽¹, 潘阳², 徐新民¹, 栗雅杰¹, 周淳¹, 张悦¹, 王雅杰^1*

1.首都医科大学附属北京地坛医院检验科,北京 100015;
2.北京市疾病预防控制中心传染病地方病控制所,北京 100013

收稿日期:2022-03-20 出版日期:2022-06-21 发布日期:2022-06-01
基金资助:
北京市自然科学基金重点研究专题项目(M21003),首都卫生发展科研专项项目(2021-1G-4302,2021-1G-4301)。

Identification of nucleic acid contamination in false positive result within detection of SARS-CoV-2 PCR

Wang Shuang¹, Pan Yang², Xu Xinmin¹, Li Yajie¹, Zhou Chun¹, Zhang Yue¹, Wang Yajie^1*

1. Laboratory Department, Beijing Ditan Hospital, Capital Medical University, Beijing 100015, China;
2. Institute for Infectious Disease and Endemic Disease Control, Beijing Center for Disease Prevention and Control, Beijing 100013, China

Received:2022-03-20 Online:2022-06-21 Published:2022-06-01
Contact: *E-mail:wangyajie@ccmu.edu.c
Supported by:
Beijing Municipal Natural Science Foundation (M21003), Capital Health Development Scientific Research Project (2021-1G-4302,2021-1G-4301).

摘要/Abstract

摘要： 目的探讨新型冠状病毒核酸检测实验室出现污染类型的内部鉴定方法。方法通过脱氧核糖核酸酶(deoxyribonuclease, DNase)的处理、去除反转录步骤等手段观察DNA质粒型质控品、RNA假病毒型质控品以及阳性患者核酸标本的扩增反应情况变化。结果 DNase处理1∶5、1∶25、1∶125和1∶625四个稀释度的DNA质粒型阳性质控品在15 min以上均有很好的清除作用,对RNA型的作用不大,可用于验证DNA型污染;去除反转录步骤对RNA型假病毒质控品的靶基因扩增有明显的影响,而对DNA型没有作用,可用于验证RNA型污染。结论通过结合DNase和去除反转录步骤的方法可以鉴定出新型冠状病毒核酸实验室污染成分的类型。

关键词: 新型冠状病毒, 假阳性, 实验室污染, 鉴别

Abstract: Objective To explore method to identify contamination inside laboratory within 2019-nCoV nucleic acid detection. Methods Changes in amplification reaction of DNA plasmid quality control, RNA pseudovirus quality control and samples of positive patients were observed with DNase treatment recombined with removal of reverse transcription. Results DNase treatment of DNA plasmid type positive quality control with four dilutions of 1∶5, 1∶25, 1∶125 and 1∶625 longer than 15 minutes had a good scavenging effect but had little effect on RNA type. It could be used to verify DNA type contamination. The removal of reverse transcription step had a significant impact on the target gene amplification of RNA pseudovirus quality control products but had no effect on DNA components. It could be used to identify RNA contamination. Conclusion The types of contaminated components could be identified and verified with combination of DNase treatment with removal of reverse transcription in the amplification reaction.

Key words: severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), false positive, laboratory contamination, identification

中图分类号:

R563.1

王爽, 潘阳, 徐新民, 栗雅杰, 周淳, 张悦, 王雅杰. 新型冠状病毒核酸PCR检测假阳性核酸污染类型的鉴别方法[J]. 首都医科大学学报, 2022, 43(3): 427-432.

Wang Shuang, Pan Yang, Xu Xinmin, Li Yajie, Zhou Chun, Zhang Yue, Wang Yajie. Identification of nucleic acid contamination in false positive result within detection of SARS-CoV-2 PCR[J]. Journal of Capital Medical University, 2022, 43(3): 427-432.

参考文献

[1] 吴双胜, 潘阳, 段玮, 等. 北京市一起境外输入无症状感染者相关新冠肺炎聚集性疫情的溯源调查[J]. 国际病毒学杂志, 2021, 28(3): 187-191.
[2] 王达, 董梁, 卿松, 等. 新型冠状病毒核酸检测中的思维误区[J]. 中华医院感染学杂志, 2020, 30(8): 1167-1170.
[3] Martel F, Gründemann D, Schömig E. A simple method for elimination of false positive results in RT-PCR[J]. J Biochem Mol Biol, 2002, 35(2): 248-250.
[4] 鲍春梅, 李波, 王欢, 等. 新型冠状病毒的实验室生物风险评估与风险控制[J]. 传染病信息, 2020, 33(1): 90-95.
[5] Salido R A, Cantú V J, Clark A E, et al. Analysis of SARS-CoV-2 RNA persistence across indoor surface materials reveals best practices for environmental monitoring programs[J]. mSystems, 2021, 6(6): e0113621.
[6] Gehrke S G, Förderer C, Weiskirchen R, et al. Cold traps as reliable devices for quantitative determination of SARS-CoV-2 load in aerosols[J]. Environ Monit Assess, 2021, 193(12): 778.
[7] 中华医学会检验医学分会. 2019新型冠状病毒肺炎临床实验室生物安全防护专家共识[J]. 中华检验医学杂志, 2020, 43(3): 203-208.
[8] 童永清, 汪明, 徐万洲, 等. 新型冠状病毒核酸检测临床实验室操作规范的建议[J]. 中华检验医学杂志, 2020, 43(3): 209-212.
[9] 李夫,张代涛, 贾蕾, 等. 环境样本新型冠状病毒核酸检测阳性结果评估及处置建议[J]. 国际病毒学杂志, 2021, 28(3): 177-181.
[10] Lippi G, Simundic A M, Plebani M. Potential preanalytical and analytical vulnerabilities in the laboratory diagnosis of coronavirus disease 2019 (COVID-19)[J]. Clin Chem Lab Med, 2020, 58(7): 1070-1076.
[11] 华文浩, 盛琳君, 宋丽红, 等. 生物安全Ⅱ级实验室开展新型冠状病毒检测的风险评估与防控[J]. 中华检验医学杂志, 2020, 43(4): 373-378.
[12] 刘佳, 宋春丽, 陶庆春, 等. 实验室检测感染新型冠状病毒标本的高危因素及安全防护研究[J]. 标记免疫分析与临床, 2020, 27(5): 914-916.
[13] Green M R, Sambrook J. Removing DNA contamination from RNA samples by treatment with RNase-free DNase Ⅰ[J]. Cold Spring Harb Protoc, 2019, 2019(10).
[14] Paska C, Barta I, Drozdovszky O, et al. Elimination of bacterial DNA during RNA isolation from sputum: bashing bead vortexing is preferable over prolonged DNase treatment[J]. PLoS One, 2019, 14(3): e0214609.

[1]	罗诗雨, 李眉, 罗莎, 王爽, 张娟, 李萌, 南潇, 鲜军舫. ¹⁸F-FDG PET/CT在脉络膜黑色素瘤与脉络膜转移癌鉴别诊断中的应用价值[J]. 首都医科大学学报, 2022, 43(6): 867-872.
[2]	邱雅若, 李星霖, 陈丹瑛, 刘永梅, 宋焱君, 李国力, 宋川, 王玺, 赵学森. 新型冠状病毒Omicron变异株利用多种动物ACE2作为受体侵入细胞的能力[J]. 首都医科大学学报, 2022, 43(3): 421-426.
[3]	高广程, 孙欣, 许颖, 禚风麟. 女性外阴巨大溃疡临床分析和经验总结[J]. 首都医科大学学报, 2021, 42(6): 1046-1052.
[4]	刘珊珊, 陈旭, 李亚琼, 袁晓菲, 于红晔, 房萌. 新型冠状病毒肺炎疫情期间北京市青少年抑郁焦虑情况调查及影响因素[J]. 首都医科大学学报, 2021, 42(3): 412-417.
[5]	陈剑明, 陈腾飞, 连博, 陈奕杉, 徐霄龙, 刘清泉. 新型冠状病毒肺炎中医证候和证候要素分布特点的文献分析[J]. 首都医科大学学报, 2020, 41(6): 901-907.
[6]	尹星琪, 于彩果, 柯静, 赵冬, 于可. 2型糖尿病患者新型冠状病毒肺炎流行期间心理状态及行为调查[J]. 首都医科大学学报, 2020, 41(6): 970-977.
[7]	姚春勇, 李杨帆, 贾原菊. 66例新型冠状病毒肺炎患者临床特点及胸部电子计算机断层扫描影像表现分析[J]. 首都医科大学学报, 2020, 41(6): 997-1001.
[8]	慕萌, 张俊敏, 陈瑞芳, 孙超渊. 医学类科技期刊应对新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的策略分析——以《首都医科大学学报》为例[J]. 首都医科大学学报, 2020, 41(6): 1033-1036.
[9]	安彦虹, 戎冬冬, 单艺, 武春雪, 高艳, 卢洁. 新型冠状病毒肺炎疑似与确诊患者的胸部X线表现比较[J]. 首都医科大学学报, 2020, 41(4): 608-612.
[10]	胡琪, 钟正, 刘激扬, 汤渝玲, 周志国, 刘萍, 阎昱升, 李波. 57例新型冠状病毒肺炎治愈患者胸部电子计算机断层扫描特征报告[J]. 首都医科大学学报, 2020, 41(4): 627-630.
[11]	杨毅, 鲁旭然, 刘楠, 侯晓彤, 孙立忠, 吴龙, 潘友民, 王守凤, 赵欣艳. 新型冠状病毒肺炎对心血管系统影响[J]. 首都医科大学学报, 2020, 41(4): 657-663.
[12]	刘景院, 郭贺冰, 李昂. 危重型新型冠状病毒肺炎的诊疗进展[J]. 首都医科大学学报, 2020, 41(3): 321-327.
[13]	刘景院, 郭贺冰, 李昂. 新型冠状病毒肺炎诊疗的若干思考[J]. 首都医科大学学报, 2020, 41(3): 328-335.
[14]	郭晶晶, 方茜, 刘亚楠, 曲沛, 马雪瀛, 王爽, 方伟, 周茹, 张响, 汤云霞, 杨思园, 于凤婷, 王雅杰. 31例新型冠状病毒感染病例咽拭子与痰标本病毒核酸检测的比较[J]. 首都医科大学学报, 2020, 41(3): 336-339.
[15]	吕志彬, 关春爽, 闫铄, 陈七一, 李晶晶, 张羽君, 陈步东, 谢汝明. 人工智能在CT预测新型冠状病毒肺炎转归中的价值[J]. 首都医科大学学报, 2020, 41(3): 340-344.

新型冠状病毒核酸PCR检测假阳性核酸污染类型的鉴别方法

Identification of nucleic acid contamination in false positive result within detection of SARS-CoV-2 PCR

PDF

可视化

摘要/Abstract

引用本文

使用本文

参考文献

相关文章 15

编辑推荐

Metrics

本文评价